El Poder Judicial de la Federación ha establecido sus criterios para delimitar lo que es un órgano constitucional autónomo a través de la jurisprudencia P./J. 12/2008 correspondiente a la Novena Época del Semanario Judicial de la Federación y su Gaceta, XXVII, Febrero de 2008, página 1871, establecieron lo siguiente:
ÓRGANOS CONSTITUCIONALES AUTÓNOMOS. SUS CARACTERÍSTICAS. Con motivo de la evolución del concepto de distribución del poder público se han introducido en el sistema jurídico mexicano, a través de diversas reformas constitucionales, órganos autónomos cuya actuación no está sujeta ni atribuida a los depositarios tradicionales del poder público (Poderes Legislativo, Ejecutivo y Judicial), a los que se les han encargado funciones estatales específicas, con el fin de obtener una mayor especialización, agilización, control y transparencia para atender eficazmente las demandas sociales; sin que con ello se altere o destruya la tradicional doctrina de la división de poderes, pues la circunstancia de que los referidos organismos guarden autonomía e independencia de los poderes primarios, no significa que no formen parte del Estado mexicano, ya que su misión principal radica en atender necesidades torales tanto del Estado como de la sociedad en general, conformándose como nuevos organismos que se encuentran a la par de los órganos tradicionales. Ahora bien, aun cuando no existe algún precepto constitucional que regule la existencia de los órganos constitucionales autónomos, éstos deben: a) estar establecidos y configurados directamente en la Constitución ; b) mantener con los otros órganos del Estado relaciones de coordinación; c) contar con autonomía e independencia funcional y financiera; y, d) atender funciones coyunturales del Estado que requieran ser eficazmente atendidas en beneficio de la sociedad.
Controversia constitucional 32/2005. Municipio de Guadalajara, Estado de Jalisco. 22 de mayo de 2006. Unanimidad de ocho votos. Ausentes: Sergio Salvador Aguirre Anguiano, José Ramón Cossió Díaz y Olga Sánchez Cordero de García Villegas. Ponente: Juan N. Silva Meza. Secretario: Martín Adolfo Santos Pérez.
Además, se manifestaron respecto de los órganos constitucionales autónomos que éstos no son privativos del Gobierno Federal, pues todas las entidades federativas están igualmente facultadas para crear este tipo de órganos con las características señaladas según lo establezcan en “su régimen interior” (constituciones y leyes), atento a la jurisprudencia P./J. 13/2008, correspondiente a la Novena Época del Semanario Judicial de la Federación y su Gaceta, XXVII, Febrero de 2008, página 1870, que señala lo siguiente:
ÓRGANOS AUTÓNOMOS ESTATALES. PUEDEN ESTABLECERSE EN LOS REGÍMENES LOCALES. En la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos no existe precepto que autorice expresamente la creación de órganos constitucionales autónomos; sin embargo, atendiendo a la evolución de la teoría tradicional de la división de poderes en la que se ha dejado de concebir la organización del Estado derivada de los tres poderes tradicionales (Legislativo, Ejecutivo y Judicial) que sin perder su esencia, ahora se considera como una distribución de funciones o competencias para hacer más eficaz el desarrollo de las actividades encomendadas al Estado, es como se ha permitido su existencia en el sistema jurídico mexicano, a través de diversas reformas constitucionales, sin que se advierta que la incorporación de dichos órganos autónomos sea privativa del órgano reformador de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, dado que conforme al régimen republicano, democrático y federal que establece la Norma Fundamental , los Estados de la República no están obligados a establecer, como órganos de poder, únicamente a los señalados en la Ley Suprema , puesto que en uso de la libertad soberana de que gozan en su régimen interior pueden, según sus necesidades, crear cuantos órganos consideren indispensables para su desarrollo, así como para atribuirles facultades y consignar las limitaciones pertinentes, siempre y cuando no contravengan las estipulaciones del Pacto Federal.
Controversia constitucional 32/2005. Municipio de Guadalajara, Estado de Jalisco. 22 de mayo de 2006. Unanimidad de ocho votos. Ausentes: Sergio Salvador Aguirre Anguiano, José Ramón Cossío Díaz y Olga Sánchez Cordero de García Villegas. Ponente: Juan N. Silva Meza. Secretario: Martín Adolfo Santos Pérez.
